Sus fechas de nacimiento y muerte no son seguras. Comenzó a enseñar en la Academia de Florencia a partir de 1873, y en esa década participó en varias exposiciones de escultura organizadas por la Academia. Giovanni Paganucci fue uno de los primeros escultores encargados de la fachada de la catedral florentina, de hecho, cuando la sección izquierda de la fachada se mostró al público el 28 de diciembre de 1879, ya se habían colocado allí algunos elementos escultóricos, incluidas obras del Livorno. escultor como los Ángeles cantando gloria, en alto relieve, dentro de los paneles hexagonales del abrepuertas. En la primavera de 1882 obtuvo el encargo de Santo Tomás para la Galleria degli Apostoli . A partir del 4 de febrero de 1875 fue admitido en la promoción de "Académicos Correspondientes" de la Academia de Bellas Artes de Florencia y al mismo tiempo residiendo en Montevideo .
Murió en 1888 en América Latina y la Academia lo conmemoró en la persona del presidente del Colegio, Felice Francolini, quien dijo de él: "era un artista de mérito, llamado a Montevideo como maestro de esa Academia" .
Las obras seguras de Paganucci, como la escultura de Leonardo Fibonacci conservada en el cementerio monumental de Pisa de 1861 y el monumento del erudito Giuseppe Micali , ahora conservado en el Tribunal Penal de Livorno, demuestran una aspiración hacia la naturalidad y la evidencia inmediata de las formas que lo acercan al realismo naciente. En Livorno hay otra escultura de Giovanni Paganucci, el Genio de la Música , ubicada en el jardín de Villa Fabbricotti.
En Livorno hay una calle desde 1938 dedicada al artista.