Nace en Holanda, Lattrop, 3 de junio de 1819.
Fue un pintor y grabador neerlandés considerado uno de los precursores del impresionismo.
Estudió arte en la Escuela de La Haya bajo la tutela del pintor romántico Andreas Schelfhout, y pintó sus primeros cuadros en el estilo de la pintura tradicional flamenca. En 1846 se instaló en París y se convirtió en alumno de Eugène Isabey hasta que, en 1855, se vio obligado a regresar a Holanda por problemas económicos y se instaló en Róterdam. Volvió a París en abril de 1860, y desde entonces expresó su atracción por las marinas durante sus estancias en la costa normanda en Le Havre, Sainte-Adresse (ver acuarela), Honfleur y Trouville. Allí conoció a Boudin y sobre todo a Monet, quien reconoció con sinceridad su deuda con el artista neerlandés: «a él le debo la educación definitiva de mis ojos». Participó en el Salón de los Rechazados en 1863 con el cuadro Ruinas del castillo de Rosemont, junto al polémico cuadro de Manet Le déjeuner sur l'herbe (El almuerzo sobre la hierba); ambos se encuentran actualmente en el Museo de Orsay.
Sus paisajes de Normandía, de canales y playas del Mar del norte, de las orillas del Sena, de París, y posteriormente de Grenoble, traducen en tonos finamente matizados la luz y el ambiente de aquellos lugares. Contrariamente a los impresionistas, realizaba sus cuadros en el estudio después de los croquis y acuarelas que dibujaba en exterior. A veces repetía un mismo tema bajo diversas luces o en distintas estaciones (idea típicamente impresionista que adoptó posteriormente su amigo Monet).
Playa de Sainte-Adresse, acuarela (1863). Llevó una vida desordenada y finalmente, con problemas psíquicos (melancolía, paranoia) y alcohólico, murió en el asilo de Saint-Égrève cerca de Grenoble.
Según Monet, en la obra de Jongkind, junto con la de Corot y la de Boudin, está el origen del impresionismo.
Murió alrededores de Grenoble, Francia el 9 de febrero de 1891.